一、微生物菌剂促进作物生根的方式不同
  生根粉剂直接作用于作物的根系部位，促进根系快速的生发。而微生物菌剂则是一种施入士壤中就会与土壤发生反应，不是直接对作物根系产生效果，而是通过改变作物周围的土壤环境促进作物自身快速完成细胞的分化，实现根系自然萌发。微生物菌剂所创造出的土壤环境，适宜作物生长发育，这样也能够保证作物在后期的生长过程中吸收到充足的养分。
二、微生物菌剂促进作物生根的时间更持久
生根肥在使用时，大部分都会有剂量跟使用时长的限制，如果配比的浓度不合理，很容易使得作物生根效果不理想。而微生物菌剂使用时，由于主要成分为各种活性菌，施用到土壤之后，这些活性菌能够结合土壤状况不断地生殖、繁育能够促进作物在相当一段长时间得到有效的保护。延长作物生根的持续效果，不用担心一次用量不足或用量过量对作物产生伤害。
三、微生物菌剂能够有效促进根系适应土壤环境的能力
微生物菌剂当中的一些有效成分，比如说哈茨木霉菌以及枯草芽孢杆菌等。能够在士壤当中分泌大量的生物酶，这些物质一方面能够促进作物快速生根。另一方面还能在作物生出根系之后，在根系表面形成一层保护膜。这层保护膜能够有效促进作物根系适应土壤环境的能力，降低病虫害对作物根系产生危害的可能性，促进作物健康成长。
四、微生物菌剂可以改善土壤状况
  微生物菌剂在施用到土壤当中，大量的活性菌由于在土壤当中不断发育生长，能够使得土壤兰中施用的氮磷钾肥快速的分解，然后输送给作物生长发育的各个组成部分。这样也能够有效改善士壤状况，防止士壤出现板结化，既能提高肥力又能改善土壤促进作物更好的生长发育。作物生长发育过程中，拥有发达的根系对于快速吸收土壤当中的营养成分，促进植株充分的生长发育具有很大的帮助。